Die Natur auf dem Gebiet des Böhmerwalds ist sehr mannigfaltig. Das gegliederte Relief bildet ein Mosaik von den verschiedensten Landschaften, die für zahlreiche Arten von Organismen geeignet sind. Eine Charakteristik der wichtigsten Typen von Landschaften, die für die böhmische sowie deutsche Seite des Böhmerwalds typisch sind, können Sie auf dem folgenden Bild finden.
Über den überwiegenden Teil des Gebiets des Böhmerwalds breiten sich Wälder aus, die 80 % der gesamten Fläche des Nationalparks einnehmen.
Typologisch am bedeutendsten sind blumige Buchenwälder, saure Buchenwälder und Berg-Fichtenwälder (zonale Vegetationseinheiten).
Die primäre Brache befindet sich auf dem Gebiet, wo es ungünstige Bedingungen für die Entstehung des Waldes gibt. Es handelt sich z. B. um Steinseen, Felsen, Kare der Gletscherseen oder torfige Feuchtgebiete – Hochmoore und Niedermoore.
Die sekundäre Brache entstand durch die Tätigkeit des Menschen. Hierzu gehören Wiesen und Weiden.
Neben den drei bereits erwähnten zonalen Vegetationseinheiten gibt es eine Reihe von natürlichen nichtzonalen Einheiten, deren Entstehung und Entwicklung in den meisten Fällen edaphisch bedingt ist, d.h. in der Regel durch erhöhten Grundwasserpegel, durch die Vertorfung, durch einen hohen Gehalt an Bodenskelett, durch die Bildung eines Felsenreliefs usw.
Insbesondere handelt es sich um Torfmoore, Talauen, nasse Fichtenwälder, relikte Kiefernwälder und baumlose Steinseen, Schutt-Mischwälder, Ökosysteme der Seekare, seltene Relikte der natürlichen, überwiegend Feuchtgebiets- und Frostbrache, Nichtwald-Quellensysteme und Ökosysteme von stehendem und fließendem Wasser.
Die typische Vegetationsabstufung ist heute natürlich ganz zersplittert durch partielle Abholzung der Landschaft und vor allem infolge der Umwandlung der herkömmlichen Waldgesellschaften in überwiegend Fichtenkulturen.
