Auf dem Gebiet mit einem Management der Regulierung hat der Schutz der Natur zum Ziel, den Zustand der Örtlichkeiten zu erhalten, die für den Schutz der Biodiversität von Bedeutung sind.
Diese Örtlichkeiten bedürfen einer regelmäßigen Pflege. Demgegenüber erhalten auf den einer natürlichen Entwicklung überlassenen Gebieten natürliche Prozesse den Vorzug; das Ökosystem verändert und entwickelt sich gemäß den Naturgesetzen ohne erkennbaren menschlichen Einfluss.
Der Schutz der natürlichen Prozesse auf dem Gebiet des Nationalparks Böhmerwald wird dadurch unterstützt, dass ein Teil des Gebiets der sog. natürlichen Entwicklung überlassen wird (Territorium ohne Eingriff des Menschen).
Der größte Teil dieses Gebiets ist im Bereich des bergischen und vom Wasser beeinflussten Fichtengrüns in den Gipfelpartien des Nationalparks festgelegt. Der Schutz der natürlichen Prozesse ist sehr wichtig, sämtliche natürlichen Prozesse hängen eng miteinander zusammen und sorgen für das natürliche Funktionieren des ganzen Ökosystems. Jeder menschliche Eingriff kann seine Degradation zur Folge haben. Die Nationalparks gehören zu den wenigen Orten, wo diese Prozesse möglich sind und wo die Natur ihren eigenen Weg gehen kann.
Die zweite Ebene des Schutzes der Prozesse besteht in der Hilfe beim Anschub oder bei der Wiederherstellung der ursprünglich in der Natur verlaufenden Prozesse, die in der Vergangenheit durch den Eingriff des Menschen unterbrochen oder ganz beendet wurden.
In diesem Fall geht es hier nur um einen anfänglichen Impuls, der zu einer Wiederherstellung von abiotischen Bedingungen und zu dem anschließenden Laufenlassen der natürlichen Prozesse führt.
Ein Beispiel dafür sind die durchgeführte Revitalisierung der Torfmoore oder Revitalisierung kleiner Wasserläufe.
Es handelt sich um einen gezielten Schutz und um an eine konkrete Art oder eine Gruppe von Arten gebundene Förderungsmaßnahmen. Durchgeführt werden sie entweder auf legislativem Wege, wenn seltene Arten für besonders geschützt erklärt werden, oder wenn die Örtlichkeiten ihres Vorkommens geschützt werden. Es gibt auch Managementmaßnahmen, die zur Förderung ihrer Populationen ausgearbeitet und durchgeführt werden.