A great number of important and rare species of flora and fauna can be found in the territory of Šumava. This species diversity is influenced by a wide variety of habitats: from alluvial plains to alpine spruce forests.
The following plants should be mentioned:
hořeček mnohotvarý český / Dwarf gentian (Gentianella praecox subsp. Bohemika), hořec šumavský / brown gentian (Gentiana pannonica), rosnatka anglická / English sundew (Drosera anglica), tučnice obecná / common butterwort (Pinguicula vulgaris), kyhanka sivolistá / bog rosemary (Andromeda polifolia), dřípatka horská / mountain bindweed (Soldanella Montana), všivec lesní / common lousewort (Pedicularis sylvatica), všivec bahenní / marsh lousewort (Pedicularis palustris), prstnatec májový rašelinný / marsh orchid (Dactylorhiza majalis subsp. turfosa), blatnice bahenní / Rannoch-rush (Scheuchzeria palustris), oměj šalamounek / garden monkshood (Aconitum plicatum), plavuňka zaplavovaná / inundated club moss (Lycopodiella inundata), vratička heřmánkolistá / chamomile grape-fern (Botrychium matricariifolium), borovice blatka / bog pine (Pinus rotundata), bříza trpasličí / dwarf birch (Betula nana), and many others.
Rare mushrooms grow here, too:
Amylocystis lapponica, ohňovec Pouzarův Phellinus pouzarii, Pseudorhizina sphaerospora, Antrodiella citrinella, Russula helodes.
The most important species of fauna include:
střevlík Menetriesův / the Ménétries ground beetle (Carabus menetriesi pacholei), batolec duhový / purple emperor (Apatura iris), kobylka horská / large speckled bush-cricket (Isophya pyrenaea), slíďák / wolf spider (Pardosa hyperborea), šídlo rašelinné / subarctic darner (Aeschna subarctica), perlorodka říční / freshwater pearl mussel (Margaritifera margaritifera), vranka obecná / European bullhead (Cottus gobio), čolek horský / alpine newt (Ichthyosaura alpestris), ještěrka živorodá / viviparous lizard (Zootoca vivipara), zmije obecná / common European adder (Vipera berus), kos horský / ring ouzel (Turdus torquatus), strakapoud bělohřbetý / white-backed woodpecker (Dendrocopos leucotos), datlík tříprstý / three-toed woodpecker (Picoides tridactylus), kulíšek nejmenší / Eurasian pygmy owl (Glaucidium passerinum), puštík bělavý / Ural owl (Strix uralensis), čáp černý / black stork (Ciconia nigra), hýl rudý / common rosefinch (Carpodacus erythrinus), chřástal polní / corn crake (Crex crex), jeřábek lesní / hazel grouse (Tetrastes bonasia), tetřívek obecný / black grouse (Lyrurus tetrix), tetřev hlušec / capercaillie (Tetrao urogallus), netopýr velkouchý / Bechstein’s bat (Myotis bechsteinii), netopýr Brandtův / Brandt’s bat (Myotis brandti), vrápenec malý / lesser horseshoe bat (Rhinolophus hipposideros), myšivka horská / northern birch mouse (Sicista betulina), bobr evropský / Eurasian beaver (Castor fiber), vydra říční / Eurasian otter (Lutra lutra), rys ostrovid / Eurasian lynx (Lynx lynx), los evropský / elk (Alces alces), sporadically also kočka divoká / the European wildcat (Felis silvestris) and vlk obecný / grey wolf (Canis lupus).