Na území s řízeným managementem je cílem ochrany přírody zachování stavu lokalit významných pro ochranu biodiverzity.
Tyto lokality jsou závislé na pravidelné péči. Naproti tomu v územích ponechaných samovolnému vývoji jsou upřednostňovány přirozené procesy, ekosystém se přirozeně mění a vyvíjí podle přírodních zákonitostí bez výrazného lidského vlivu.
Ochrana přirozených procesů na území Národního parku Šumava je podporována ponecháním části území tzv. samovolnému vývoji (území bez zásahu člověka).
Největší část tohoto území je vymezena v oblasti horských a vodou ovlivněných smrčin ve vrcholových partiích národního parku. Ochrana přirozených procesů je velice důležitá, veškeré přirozené procesy spolu úzce souvisí a zajištují přirozené fungování celého ekosystému, každý lidský zásah může vést k jeho degradaci. Národní parky jsou jedny z mála míst, kde jsou tyto procesy umožněny a příroda může jít svou vlastní cestou.
Druhou rovinou procesní ochrany je pomoc při nastartování či obnově původně probíhajících procesů v přírodě, které byly v recentní době přerušeny nebo zcela zastaveny zásahem člověka.
V tomto případě zde existuje pouze počáteční impuls člověka vedoucí k nápravě abiotických podmínek a následného ponechání přírodním procesům.
Příkladem jsou prováděné revitalizace rašelinišť či revitalizace drobných vodních toků .
Abiotické prostřední šumavských rašelinišť bylo v minulosti tak výrazně narušeno lidskou činností, že bez dalšího jednorázového lidského zásahu by postup degradace stanovišť postupoval dále a znamenal by ohrožení dochovaných vzácných druhů a stanovišť.
U rostlinných druhů se většinou jedná o redukci náletových dřevin na ploše jejich výskytu, s následným speciálním režimem sečení, extenzivní pastvou nebo výhrabem. Příkladem mohou být orchidejové louky, smilkové trávníky nebo luční stanoviště s výskytem kriticky ohroženého hořečku mnohotvarého českého.
U živočišných druhů se jedná např. o podporu hnízdních možností některých vzácných druhů ptáků, jako je instalace hnízdních podložek pro čápa černého, orla mořského, úprava skalních říms pro sokola stěhovavého, či vyvěšování budek pro puštíka bělavého a sýce rousného.
Druhovou ochranou je i omezení vstupu turistů na některé turistické stezky či místa po určitou část roku, kde hnízdí a vyvádějí mláďata některé vzácné druhy ptáků. Příkladem mohou být omezení vstupu v jádrových územích tetřeva hlušce nebo u hnízdišť některých druhů dravců. Tímto opatřením se podporuje úspěšné vyvedení mláďat spojené s postupným zvyšováním početnosti populace.
Pro druhy, které jsou svou existencí vázány na raná stadia sukcese lesa či sekundární bezlesí, jsou prováděna speciální opatření blokující sukcesi daného stanoviště. Příkladem je např. silně ohrožený tetřívek obecný nebo chřástal polní. V některých lokalitách jejich výskytu se plánovaně vyřezávají náletové dřeviny a provádí se obhospodařování přilehlého bezlesí ve speciálním režimu.
U jednotlivých opatření je rozdíl v intenzitě a frekvenci realizovaných managementů. Některé druhy vyžadují každoroční úpravu biotopu, jiné druhy intenzivní zásah s opakováním po několika letech či desetiletích.