Odbor vykonává agendu orgánu ochrany přírody a krajiny v souladu se zákonem o ochraně přírody a krajiny, jinými slovy, hlídá dodržování tohoto zákona na území národního parku a řeší případné rozpory a problémy. Odbor zajišťuje na území národního parku rovněž výkon státní správy na úseku ochrany zemědělského půdního fondu, a v omezeném rozsahu i myslivosti a rybářství.
Jedno základní, obecné pravidlo. Pokud uvažujete o nějakém stavebním záměru, rekonstrukci, koupi pozemku či plánujete nějaké další činnosti (výzkumný záměr, sportovní, turistické nebo jiné veřejné akce, komerční natáčení, fotografování v přírodě, létaní s dronem), vždy se vyplatí s předstihem se na nás obrátit, ať už přijdete osobně či zavoláte, pošlete email. Rádi se s vámi o vašem záměru pobavíme a doporučíme vhodný postup tak, aby byl v souladu se zájmy ochrany přírody na Šumavě.
Pracovníci odboru se při svém jednání řídí především těmito zákonnými normami: