Na území Šumavy se vyskytuje celá řada významných a vzácných druhů rostlin a živočichů. Tato druhová pestrost je ovlivněna širokou nabídkou nejrůznějších stanovišť: od údolních niv až po horské smrčiny.
Za rostliny lze jmenovat:
hořeček mnohotvarý český (Gentianella praecox subsp. Bohemika), hořec šumavský (Gentiana pannonica), rosnatka anglická (Drosera anglica), tučnice obecná (Pinguicula vulgaris), kyhanka sivolistá (Andromeda polifolia), dřípatka horská (Soldanella Montana), všivec lesní (Pedicularis sylvatica), všivec bahenní (Pedicularis palustris), prstnatec májový rašelinný (Dactylorhiza majalis subsp. turfosa), blatnice bahenní (Scheuchzeria palustris), oměj šalamounek (Aconitum plicatum), plavuňka zaplavovaná (Lycopodiella inundata), vratička heřmánkolistá (Botrychium matricariifolium), borovice blatka (Pinus rotundata), bříza trpasličí (Betula nana) a mnoho dalších.
I vzácné houby zde rostou:
modralka laponská (Amylocystis lapponica), ohňovec Pouzarův (Phellinus pauzarii), ucháčovec šumavský (Pseudorhizina sphaerospora), outkovka citronová (Antrodiella citrinella), holubinka rašelinná (Russula helodes).
Z fauny jsou nejvýznamnější druhy:
střevlík Menetriesův (Carabus menetriesi), batolec duhový (Apatura iris), kobylka horská (Isophya pyrenaea), slíďák (Pardosa hyperborea), šídlo rašelinné (Aeschna subarctica), perlorodka říční (Margaritifera margaritifera), vranka obecná (Cottus gobio), čolek horský (Ichthyosaura alpestris), ještěrka živorodá (Zootoca vivipara), zmije obecná (Vipera berus), kos horský (Turdus torquatus), strakapoud bělohřbetý (Dendrocopos leucotos), datlík tříprstý (Picoides tridactylus), kulíšek nejmenší (Glaucidium passerinum), puštík bělavý (Strix uralensis), čáp černý (Ciconia nigra), hýl rudý (Carpodacus erythrinus), chřástal polní (Crex crex), jeřábek lesní (Tetrastes bonasia), tetřívek obecný (Lyrurus tetrix), tetřev hlušec (Tetrao urogallus), netopýr velkouchý (Myotis bechsteinii), netopýr Brandtův (Myotis brandti), vrápenec malý (Rhinolophus hipposideros), myšivka horská (Sicista betulina), bobr evropský (Castor fiber), vydra říční (Lutra lutra), rys ostrovid (Lynx lynx), los evropský (Alces alces), ojediněle také kočka divoká (Felis silvestris) a vlk obecný (Canis lupus).
